Bolest
Jako základní příznak se vyskytuje u 50-90% pacientek s endometriozou. Nejčastěji se bolest vyskytuje při menstruaci, v 30-50% , bolest při pohlavním styku a trvalou pánevní bolest udává cca 30% pacientek. Výskyt bolestivých příznaků je vázán především na výskyt tzv hlubokých (infiltrativních) forem endometriozy, kdy hloubka průniku pod povrch přesahuje 5 mm.
Bolest je způsobena místní zánětlivou reakcí, jako obrannou odpovědí organismu na výskyt endometriozy. Látky podílející se na zánětlivém procesu dráždí okolní nervová zakončení a vyvolávají bolest
Neplodnost
Je způsobena několika faktory: jizevnaté procesy v okolí vejcovodu mohou tento natolik znehybnit, resp. uzavřít, že již není schopen transportovat vajíčko, rozsáhlé srůsty v okolí vejcovodu mohou bránit v uvolnění vajíčka, působky zánětlivé reakce organismu při vyskytu endometriozy negativně ovlivňují pohyblivost vejcovodu a spermií a snižují schopnost děložní sliznice přijmout oplozené vajíčko. Vztah mezi neplodností a endometriozou je nepopiratelný: cca 50% neplodných žen trpí endometriozou a cca 50% žen s endometriozou je neplodných.
Krvácení
U pokročilých hluboce infiltrativních forem endometriozy, které postihují stěnu močového měchýře nebo tlustého střeva je možné zjistit krev v moči, resp. ve stolici.