Jednoznačná exaktní teorie vzniku endometriozy chybí.
Jako první popsal endometriozu český anatom von Rokitanski v publikaci vydané v r. 1896.
Název „endometrioza“ použil jako první Sampson ve 20.letech 20.stol., který jako první formuloval v r. 1927 teorii vzniku endometriozy – tzv implantační teorii. Následovaly postupně další doplňující teorie, neboť žádná z předchozích nevysvětlovala beze zbytku všechny okolnosti vzniku této tzv. „záhadné nemoci“ označované v literatuře jako morbus enigma.
Implantační teorie – vysvětluje vznik ložisek endometriozy mimo dutinu děložní jejich zanesením na pobřisnici tzv zpětnou menstruací, kdy menstruační krev neodtéká jen do pochvy, ale i zpětně vejcovody je rozlévána do břišní dutiny a usazuje se i s drobnými kousky děložní sliznice na pobřišnici a vaječnících, kde mohou implantovat a dát základ vzniku patologického ložiska budoucí endometriozy. Tuto teorii podporuje i fakt, že endometrioza se vyskytuje u žen s prodlouženou menstruací, či u žen se ztíženými možnostmi odtoku menstruační krve z děložní dutiny. Naopak implantační teorie nevysvětluje dostatečně např. rektovaginální formu endometriozy, či tzv vzdálené formy endometriozy mimo břišní dutinu.
Metaplastická teorie – vysvětluje vznik endometriozy přeměnou buněk pobřišnice na buňky endometria, které následně reagují na hormonální cyklus. Tato přeměna může být vyvolána impulzy, jakými jsou zvýšená hladina ženských pohlavních hormonů nebo opakované záněty v pánvi. Navíc je postavena na předpokladu , že buňky pobřišnice jsou takové změny schopny – jsou tzv. pluripotentní.
Imunologická teorie – vysvětluje vznik endometriozy nedostatečnou schopností organismu ubránit se vzniku patologických ložisek endometriozy a tato ničit již v zárodku, ihned po implantaci. Nelze vyloučit ani podíl genetických faktorů, je znám vyšší výskyt endometriozy u dvojčat